Die Weingeschichte auf dem Johannisberg geht bis auf Karl den Großen (768-814) zurück. Der heutige Johannisberg erhielt ca. im Jahre 850 den Namen "Bischofsberg" wohl durch den Einfluss von Rhabanus Maurus.

Zwischen 1096-1100 errichteten Mainzer Benediktiner hier das erste Kloster im Rheingau. 1130 wurde die romanische Basilika zu Ehren Johannes dem Täufer geweiht und gab dem Berg, dem Kloster und der Gemeinde den Namen "Johannisberg". 

Während des Bauernaufstandes 1525 wurde das Kloster geplündert und zerstört.1552 wurde das Kloster durch den Markgrafen Albrecht Alkibiades von Brandenburg - Kulmbach besetzt. 

Nachdem 1563 das Kloster aufgelöst wurde - Reichspfennig - übernahm Hubert Bleymann die Verwaltung. Das Kloster mit seinem reichen Weinbergsbesitz stand also unter weltlicher Verwaltung.

Im Jahre 1716 erwarb Konstantin von Butlar - der Fürstabt von Fulda das Anwesen und ließ das barocke Schloss erbauen.

Nach dem Abriss der alten Klostergebäude mit Ausnahme der Kirche und des heute fast 900 - jährigen Weinkellers (Bibliotheca subterranea) wurde nach Plänen des Bamberger Baumeisters Johann Dietzenhofer ein barockes Schloss erbaut.  Bei den Neuanpflanzungen der vernachlässigten Weinberge wurde ein Teil 1720 erstmals mit Rieslingreben bepflanzt (ältester Riesling Weinberg der Welt), womit eine neue Ära für den Rheingau und die Weißweine insgesamt eingeleitet wurde. Dies begründet u.a., dass heute in einigen nicht europäischen Weinbaugebieten, wie z.B. Kalifornien, Rieslingweine mit "Riesling Johannisberg" bezeichnet werden. Der Schwerpunkt lag nun auf der Weinwirtschaft, und es wurde 1721 ein riesiger Keller von 250m Gesamtlänge an den alten Keller angebaut.

Denkmal des Spätlesereiters

Eingang zum Weinkeller des Schlosses

1775 kam es durch die Mönche auf dem Johannisberg zur Entdeckung der Spätlese. Durch den verspätet eingetroffenen Herbstkurier aus Fulda, hatte man drei Wochen später als normal gelesen. Die dadurch entstandenen faulen Trauben waren von einem Pilz befallen (Botrytis cinerea), dem man bis dahin nie Aufmerksamkeit schenkte. Dieser Jahrgang 1775 bescherte den Mönchen ein derartig gutes Gewächs, dass diese fortan ihre Trauben erst lasen, als alle Trauben in dem ganzen Rheingau bereits gekeltert waren. Ein "Ohngefähr" ein Zufall - hat hier eine Rolle gespielt und der Johannisberg kann und darf sich zurecht als die Wiege der Weinprädikate bezeichnen.

Nach der Säkularisierung 1802 ging das Schloss Johannisberg in den Besitz des Hauses Nassau-Oranien, bevor es 1806 an Napoleon fiel.

Danach hatte der Johannisberg verschiedene Besitzer.

Kaiser Franz von Österreich schenkte am 1. Juli 1816 diesen Besitz seinem Haus- Hof- und Staatskanzler Clemens Wenzeslaus Lothar Fürst von Metternich-Winneburg-Beilstein für seine besonderen Verdienste um die Leitung des Kongresses in Wien. 

Clemens Wenzeslaus L. Fürst von Metternich-Winneburg

In den Jahren 1813-1815 wurde das Schloss von Österreich, Russland und Preußen aus verwaltet.

1825-1827 wird mit Rücksicht auf Fürst Metternich die Chaussee von Winkel zum Schloss Johannisberg gebaut und auch der, von der Chaussee zwischen Winkel und Geisenheim durch den Grund auf den Johannisberg führende Weg, hergestellt.

Im zweiten Weltkrieg, am 13. August 1942 während eines Luftangriffs auf auf Mainz, wurde bei einem Brandbomben Bombardement  die Schlossanlage weitgehend zerstört (der Pilot hatte ein Problem mit deiner Maschine und wollte die Bombenlast loswerden um den Rückweg nach England antreten zu können).

Nach dem Krieg wurde das Schloss bis 1965 von Paul Alfons Fürst von Metternich (Urenkel des Staatskanzlers) in seinem heutigen Zustand wiederaufgebaut.

Noch heute bewohnt die Witwe des Urenkels, Paul-Alphons Fürst von Metternich-Winneburg,  Fürstin Tatiana, Schloss Johannisberg.

Das Schloss und seine Weinberge gehören heute dem "Dr. Oetker" Konzern.